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1124/25 wird Baiersdorf erstmals schriftlich erwähnt. Luitpold von Baiersdorf, Ritter des Bischofs von Bamberg, erscheint als Zeuge bei Schenkungen.
Seit dem Mittelalter pfarrte der Ort nach Weismain, erst 1820 erfolgte die Auspfarrung nach Altenkunstadt. Mit Einführung der Schulpflicht am Ende des 18. Jahrhunderts gingen die Baiersdorfer Kinder in die Weismainer Schule.
Die alten Höfe hatten Adelsfamilien gehört, die Gemeinde selbst besaß lediglich einen Acker, eine Wiese und das Hirtenhaus; Gemeinderechnungen existieren seit 1748. 1750 erhielt Baiersdorf vom Oberamt Weismain eine eigene Gemeindeordnung. 1818 wurde es zu einem Ortsteil von Altenkunstadt. 1953 wurde die neue Kapelle errichtet, nachdem zwei Vorgängerbauten, die an anderer Stelle standen, abgerissen werden mussten.
Obwohl es auf ein beachtliches Alter zurückblicken kann, ist Baiersdorf gleichwohl ein junges Dorf, ist doch der überwiegende Teil der Bebauung erst in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts entstanden.
